1979年，孔繁森第一次进藏担任岗巴县委副书记，在岗巴工作三年，他跑遍了全县的乡村、牧区，与藏族群众结下了深厚的友谊。

1988年，孔繁森第二次调藏工作，担任拉萨市副市长，分管文教、卫生和民政工作，孔繁森到任仅四个月的时间，就跑遍了全市八个县区所有的公办学校和一半以上的村办小学，为发展少数民族的教育事业奔波操劳。孔繁森对于分管的卫生和民政工作也同样的投入，为了结束尼木县续迈等三个乡群众易患大骨节病的历史，他几次爬到海拔近5000米的山顶水源处采集水样，帮助群众解决饮水问题。

1992年底，孔繁森第二次调藏工作期满，西藏自治区党委决定任命他为阿里地委书记，这一任命意味着孔繁森将继续留在西藏工作，面对人生之路又一次重大选择，他毫不犹豫地服从了党的决定，人民的需要。阿里地处西藏自治区的西北部，平均海拔4500米，被称为“世界屋脊的屋脊”。阿里的面积相当于两个山东省，而人口仅有六万，地广人稀，这里长年气温零度以下，最低温度达零下40多度，每年7至8级大风占140天以上，恶劣的自然环境，艰苦的生活条件使许多人都望而却步。

1993年春天，年近50岁的孔繁森赴任阿里地委书记，为了摸清阿里的情况，孔繁森逐县、逐区、逐乡的跑，实地考察、求计问策，与当地干部一起寻找带领群众脱贫致富的路子，在阿里不到两年的时间里，全地区106个乡他跑遍了98个，行程达8万多公里，茫茫雪域高原到处都留下了孔繁森深深的足迹。

在阿里，孔繁森同时兼任阿里军分区党委第一书记，他为阿里的军队建设倾注了大量的心血。早在1990年，迟浩田将军就诚曾写下“心连心，同命运，共呼吸”的条幅赠予孔繁森。

为了加速阿里的发展和振兴，1994年11月，孔繁森带领阿里工作组赴新疆塔城考察边贸工作，途中他在4页便笺上拟就了“关于阿里发展的12个亟待解决的问题”，可谁又会想到这竟成了他留在高原的绝笔。孔繁森在藏工作十年间，深深爱上了西藏人民和那里的山山水水，早在孔繁森生前《大众日报》《聊城日报》《山东画报》《西藏日报》等报刊都多次报道过孔繁森在西藏的感人事迹。孔繁森第一次进藏工作时，了解到农牧区缺医少药的情况，1988年，他第二次赴藏，随身的物品里就多了一个小药箱，每次下乡时，他都用自己的钱购置药品装满小药箱，工作结束后，他的身边总围着一群等候看病的农牧民，他认真地听诊、把脉、发药、打针、直到小药箱空了为止，孔繁森在拉萨市任副市长时，全市56所敬老院和社会福利院，他走访过48所，他经常对身边的工作人员说：“我每见到这些孤寡老人，就像见到我远在家乡的老母亲，照顾好这些老人，也就是为我的老母亲尽孝了”。

1992年，拉萨市墨竹工卡等县发生强烈地震，孔繁森在羊日岗乡的地震废墟上，领养了三个失去亲人和家园的藏族孤儿：12岁的曲尼，7岁的曲印和只有5岁的贡桑。

1994年11月29日，一场车祸无情的夺去了孔繁森宝贵的生命。12月10日在新疆的乌鲁木齐市举行了孔繁森同志的遗体告别仪式，他的骨灰分别被安放在他所工作过的西藏高原和他的家乡山东聊城。12月14日，在山东聊城，两千多名干部群众，冒着凛冽的寒风，从四面八方来到革命烈士陵园，为孔繁森同志举行了隆重的骨灰安放仪式。在场的干部群众面对着孔繁森同志的遗像和骨灰，都禁不住失声痛哭。当孔繁森的儿子孔杰怀抱着父亲的骨灰送往灵堂时，来自他老家五里墩村的父老乡亲们都纷纷跪倒在地，连声哭喊着“繁森”的名字泣不成声。12月15日在西藏自治区首府拉萨，隆重举行了孔繁森同志的骨灰安放仪式，遗像前花圈似海、哈达如云、哭声如潮。孔繁森当年在西藏收养的两个藏族孤儿曲印和贡桑，怀抱着爷爷的骨灰和遗像，为他们敬爱的孔爷爷送葬。噩耗传到阿里地委所在地狮泉河镇，人们纷纷朝着孔繁森殉职的方向哭泣默哀，12月5日，阿里地委隆重举行了孔繁森同志的追悼仪式，这个不足五千人的边疆小镇赶来参加追悼仪式的竟有两千多人。那一天，一幅挽联十分醒目，上面写着“一尘不染两袖清风，视名利安危淡似狮泉河水；两离桑梓独恋雪域，置民族团结重如冈底斯山。”这充分表达了阿里人民对孔繁森同志的深切缅怀。

孔繁森同志殉职后，中央领导、山东省的领导以及西藏自治区的领导都专程赶到聊城看望孔繁森同志的亲属。1997年4月10日，新任山东省委书记吴官正由江西南昌抵达聊城，参观了孔繁森同志纪念馆并郑重题词“学习孔繁森同志，全心全意为齐鲁人民服务”。

1995年4月29日，江泽民、李鹏、乔石、李瑞环、朱鎔基、刘华清、胡锦涛等党和国家领导人在北京亲切接见了孔繁森同志的爱人王庆芝及其子女以及孔繁森事迹报告团的全体成员。

1995年7月4日，中共中央宣传部正式批准在聊城建立孔繁森同志纪念馆，孔繁森同志纪念馆的建成，为广泛、深入、持久的开展向孔繁森同志学习提供了一个重要的思想教育基地。