1963年7月，樊锦诗从北京大学毕业，带着强烈的事业心和高度的责任感来到敦煌，全部身心投入到国家的文物事业中，在大漠深处一待就是50余年，为敦煌石窟的保护、研究、弘扬事业奉献了一生的心血和精力，极大地提高了敦煌石窟科学保护和管理的现代化水平。

作为考古专家，樊锦诗潜心于石窟考古研究工作，运用考古类型学的方法，结合洞窟中的供养人题记、碑铭和敦煌文献，先后撰写了《莫高窟北朝洞窟分期》《莫高窟隋代洞窟分期》《莫高窟唐代前期洞窟分期》等论文，完成了敦煌莫高窟北朝、隋、唐代前期和中期洞窟的分期断代，揭示了各个时期洞窟发展演变的规律和时代特征，成为学术界公认的敦煌石窟分期排年成果。

她主编的26卷本大型丛书《敦煌石窟全集》总结并展示了敦煌研究院在敦煌石窟考古、石窟艺术研究方面的成果，第一次以大型专题丛书的形式全面系统地揭示了敦煌石窟的丰富内涵和珍贵价值。

她主持编写莫高窟考古报告，用文字记录、测绘图、图片等形式全面系统地记录洞窟基本信息，为学术研究提供翔实的基础资料。《莫高窟第266～275窟考古报告》，是国内第一本具有科学性和学术性的石窟考古报告。

报告深入解析彩塑和壁画内容，在洞窟形制、内容和艺术特点等方面提出了新见解；采用三维激光扫描测绘技术和计算机绘图等方法，解决了石窟建筑结构极不规整、彩塑造型复杂的问题；通过图像采集、处理、色彩还原等技术，表现了洞窟结构、彩塑和壁画原件、原塑和原绘及重修、重塑和重绘的细节、遗迹空间和时代关系及制作工艺等，超越了以往的考古报告。同时，采用14C测年和无损或微损分析技术，得到了准确的壁画制作年代和成分。

本报告是完整、科学的档案资料，是莫高窟永久保存、研究、利用的基础和全面复原的依据，具有重要价值，也为其他石窟寺遗址考古报告的撰写提供了借鉴。

报告被国学大师饶宗颐先生评价为“既真且确，精致绝伦，敦煌学又进一境，佩服之至”，英国伦敦大学名誉教授韦陀先生称此考古报告“从未有过的资料系统完整的科学性，将为中国其他石窟寺遗址的考古报告提供标准与模式”，本书也获得甘肃省第十三次哲学社会科学优秀成果奖一等奖和中国社科研究最高奖吴玉章奖。

樊锦诗在全国率先开展文物保护专项法规和保护规划建设，经甘肃省人民代表大会常务委员会通过并颁布实施的《甘肃敦煌莫高窟保护条例》，以及甘肃省人民政府批准实施的《敦煌莫高窟保护总体规划（2006-2025）》为敦煌石窟保护、研究、弘扬事业的发展提供了明确的科学规划和指南、有力的法律依据和保障。

在文物保护方面形成了一些石窟科学保护的理论与方法，通过环境监测与研究，对莫高窟窟区大环境及洞窟小环境做出了科学的质量评价；以工程阻沙、化学治沙、生物固沙为主的综合治沙防护系统已成一定规模，沙害治理取得显著成效；通过多年研究和探索，确定和形成了一套砂砾岩石窟崖体裂隙灌浆、风化崖面防风化加固的材料与工艺，有些技术从材料到施工工艺均为敦煌研究院所独创。探讨了壁画病害产生的机理，为保护工作提供了基础资料和科学数据；不断改进壁画修复技术，实验筛选了几种新的修复材料，等等，使敦煌石窟的保护真正走上了科学保护之路。

在多年的文物保护工作实践中，樊锦诗为了将“数字敦煌”用于石窟的展示，以高质量的展陈传播敦煌艺术，她提议并策划实施了莫高窟史上规模最大的综合性保护工程——敦煌莫高窟保护利用工程，为莫高窟的保护与利用拓展了空间，奠定了新的基础。

建成的莫高窟数字展示中心，开创了敦煌莫高窟开放管理新模式，有效地缓解了敦煌莫高窟文物保护与旅游开放的矛盾。

樊锦诗积极谋求敦煌石窟的国际合作，按照“以我为主、为我所用、互利共赢”的原则，先后与日本东京国立文化财研究所、日本东京艺术大学、美国盖蒂保护研究所、英国伦敦大学考陶尔德艺术学院等机构行了合作研究，开创了我国文物保护领域国际合作的先河，使敦煌石窟的保护研究逐步与国际接轨，把敦煌石窟的保护工作推向一个新的高度。

从改革开放以来，樊锦诗通过国际交流与合作，派遣专业技术人员前往日本、美国、英国等国进修；同时还通过在国内大专院校的学历教育和培训，培养了一批专业人才。

她倡导设立了敦煌研究院中青年优秀科研成果奖，设立专项经费，建立课题审报制度；筹集专门的出版经费，资助学术著作的出版；她提出并制定了人才培养、使用制度，大胆起用一批青年专家走上中层领导岗位。

樊锦诗始终坚持贯彻国家“抢救第一、有效保护、合理利用、加强管理”的文物工作方针，重视科技在石窟保护中的应用，走出了一条符合实际、切实可行的路子，敦煌研究院的工作在前人的基础上又跃上了一个新的台阶，被党和国家领导人誉为“我国文物有效保护、合理利用和精心管理的典范”。